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型号:BS-Seqo001

柏熠微生物分析平台-测序数据处理工作包

描述:测序数据处理工作包,是由杭州柏熠科技有限公司开发的一款提供图形操作界面的测序数据处理工具分析系统。相较于以往的命令行模式处理以及输出式展示形式,测序工具包分析系统提供了可视化操作分析软件,用户可以通过参数设置提交分析,产生交互式分析结果,直接点击查看运行结果。本系统包含3款纳米孔测序数据分析工具,9款fastq/fasta格式数据分析工具,3款bam/sam格式数据分析工具。

  • 厂商性质

    生产厂家
  • 更新时间

    2023-09-08
  • 访问量

    554
详细介绍
品牌其他品牌应用领域医疗卫生,环保,食品,生物产业,制药

简介

测序数据处理工作包内共开发了15款小工具,归纳总结为三大类:

1.纳米孔数据处理小工具

2.fq/fa处理小工具

3.Bam/sam处理小工具

测序数据处理工作包提供纳米孔数据转化,多样本拆分分析,数据的相互转化、统计、提取、去重、过滤等分析。

产品特点

(一)fast5转fastq

1.提供便捷的basecalling和多样本拆分功能 ;

2.fast5数据文件可以递归搜索

3.芯片类型支持R9.4,R10.3以及R10.4+Q20

4.转化模式支持快速转化(FAST)、高准确转化(HAC)以及超高准确率转化(SUPER)

5.提供多样本试剂盒列表,同时支持自定义试剂盒,满足多样化的需求

6.支持去接头和barcode序列

 

 

图片4.jpg

 

(二)自定义barcode拆分

(三)接头和barcode序列去除

(四)fq/fa相互转换

(五)数据基础统计

(六)序列去重

(七)序列条件过滤

(八)序列合并与拆分

(九)序列转换

(十)序列挑选

1.提供便捷的目标序列挑选功能

2.支持fastq和fasta数据格式

3.子序列的输入允许简并碱基的输入

4.序列匹配方式多:正反向、仅正向、仅反向

5.支持容错碱基个数调整

6.优先兼并碱基,再考虑容错碱基个数

 

 

图片5.jpg

 

(十一)bed位置提取

(十二)linux与win格式转换

(十三)序列提取

1.提供便捷的比对序列提取功能

2.提供“提取比对上序列”和“提取未比对上序列”两种分析模式

3.数据提取结果文件,支持以fastq和fasta格式保存

4.提取标准,提供“次优比对”和“局部比对”选择

5.输入数据,支持bam和sam文件格式,以及单端和双端数据

 

图片6.jpg

 

(十四)比对位置分析

(十五)比对覆盖度

 

 

 

 

 

 
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